Kong en zijn beschermers ondernemen een gevaarlijke reis om zijn ware thuis te vinden. Onder hen is Jia, het jonge weesmeisje met wie de reuzengorilla een unieke band heeft opgebouwd. Onderweg kruisen ze onverwacht het pad van een woedende Godzilla, het eveneens legendarische monster dat niet meer gezien is sinds het grote gevecht met zijn driekoppige aartsvijand, King Ghidorah (Godzilla: King of the Monsters). Ook nu weer zorgt Godzilla voor enorme verwoestingen en vernietigt hij alles op zijn pad. Nu is de redder van gisteren een bedreiging voor de wereld geworden. Een gevecht tussen de twee monsterlijke alfa-Titanen is onvermijdbaar en de wereldbevolking wordt hierbij gedegradeerd tot de rol van toeschouwer.

De epische botsing tussen de twee titanen, veroorzaakt door onzichtbare krachten, is slechts het begin van het mysterie dat diep in de kern van de aarde ligt.