Nadat hij zich definitief in Green Hills heeft gevestigd, is Sonic klaar voor meer zelfstandigheid. Tom en Maddie (James Marsden en Tika Sumpter) besluiten hem die te geven en dat betekent dat Sonic alleen thuis blijft terwijl zij samen op vakantie gaan. Maar ze zijn nog niet weg of Dr. Robotnik (Jim Carrey) komt terug, dit keer met een nieuwe partner, Knuckles (stem: Idris Elba). Het duo is op zoek naar een smaragd die de kracht heeft om beschavingen op te bouwen en te vernietigen en Sonic kan niet anders dan, samen met zijn eigen hulpje Tails, wederom de confrontatie aan te gaan.

Met een budget van 110 miljoen dollar is niets aan het toeval overgelaten om deze tweede Sonic-film tot een succes te maken. En dat geld zien we er echt aan af, want deze tweede film is een waar spektakel waar jong en oud zich mee zal vermaken.